Las Atarazanas de Sevilla eran el lugar donde se construían los barcos. No obstante, su uso como astillero cesó en 1503, por lo que tuvo poca relación este uso con América. Se trata de un edificio del siglo XIII, y por su altura, solo podía fabricar galeras, que eran insuficientes para el viaje a América y la defensa de su cargamento. Una vez que se vió como necesaria la construcción de barcos más grandes, empezaron a realizarse en los artilleros aragoneses y del norte de España, por lo que en las Atarazanas se instalaron en primer lugar la Casa de Contratación, también la aduana, así como almacenes de aceite, lanas, y otros productos diversos.
Desde la llegada española a América hasta la mitad del siglo XVI, partieron de Sevilla numerosos proyectos privados que navegaron en solitario hasta las Antillas primero, y hasta tierra firme después. A esta ruta comercial se la llamó la Carrera de Indias Occidentales. Esta iniciativa privada era un sistema de viajes irregulares que emprendía la travesía en cualquier fecha y que sufría continuamente el ataque de corsarios ingleses. El llamado sistema del “navío suelto” marchaba desprotegido, utilizaba carabelas, naos y otros barcos de escaso tonelaje, y en momentos y condiciones indebidas, lo que ocasionó muchas pérdidas de barcos y hombres.
Uno de los ejemplos más llamativos de estas expediciones lo llevó a cabo Pedro Menéndez de Avilés, quien fundara la primera ciudad de Estados Unidos, concretamente en Florida, San Agustín. Este Pedro Menéndez de Avilés planeó su viaje desde las Atarazanas de Sevilla. Sucedió que ya en su día había embarcado hacia las Antillas, y en una de sus vueltas a Sevilla fue sorprendido no declarando parte del impuesto al cargamento de su barco, por lo que fue llevado a las mazmorras de las Atarazanas. Por ese motivo planeó en este edificio la estrategia de consolidar la posición de España en Norteamérica, ya que los franceses planeaban quedársela, por lo que persuadió a Felipe II para que le dejaran salir a cambio de llegar a cabo estos planes.
La ineficacia del sistema del «navío suelto» conllevó su sustitución por un sistema comercial regulado y protegido de un modo más estricto, que tuvo su culmen con la adopción en 1564 del Sistema de Flotas y Galeones. Este novedoso sistema consistía en la salida anual de dos flotas de galeones, embarcaciones artilladas, más robustas y seguras para los viajes transatlánticos. La primera de estas flotas, conocida como “La Flota”, partía en abril apoyada por una nave Capitana y una Almiranta, fuertemente armadas para la protección en caso de ataques, con destino final en Veracruz, en México.
La segunda, “Los Galeones”, partía en agosto escoltada por seis u ocho galeones de guerra, con final en Nombre de Dios y Portobello, en Panamá, con un ramal a Cartagena de Indias y otros puertos cercanos. Previamente, ambas flotas pasaban por Santo Domingo y La Habana. En estos puertos descargaban sus productos europeos, que se llevaban hasta la ciudad de México y Acapulco en el caso de la Flota, y hasta Panamá, El Callao y otros puertos del Pacífico sur americano. Pasaban el invierno en esos lugares y luego en el mes de marzo se reunían en La Habana para regresar unidas a la metrópoli. Desde 1571 se organizó también el llamado Galeón de Manila, una línea comercial que enlazaba Acapulco con las Filipinas.